玩家需要面对多个强大的首领BOSS，他们守护着地图上的决定因素资源点，挑战他们是游戏进程中的重要环节。目前游戏中出现的首领包括赛伊德、雷斯、灰色猎犬、蓝鹰直升机、穆德兰和渡鸦等，每个首领都拥有特殊的战斗方法和装备配置。

赛伊德作为零号大坝区域的阿萨拉卫队长官，通常出现在行政东楼的一楼大厅或楼梯附近，以及行政西楼的东侧活动主题范围。他身穿黑色披风，行动敏捷且能够进行翻滚和横跳，运用M249轻机枪配合顶级弹药，其攻击具备强大的穿甲效果，还会发射燃烧弹造成持续性伤害。

雷斯被称为地狱黑鲨，主要刷新在长弓溪谷的哈夫克雷达站或钻石皇后酒店内部。他头戴红色贝雷帽，运用S12K霰弹枪进行近距离作战，而且拥有阿萨拉首领卫士作为手下，包括手持盾牌的盾卫和配备突击步枪的突击兵，玩家在对抗他时需要优先处理这些随从。

蓝鹰直升机小编认为是一个空中单位，穆德兰和渡鸦则分别在其他地图如潮汐监狱中出现，他们各自拥有不同的战斗机制和装备。玩家在挑战这些首领时需根据其特征灵活调整战略，利用合适的武器和干员技能来克服挑战。灰色猎犬是哈夫克企业的近战特化首领，擅长烟雾作战并运用Vector冲锋枪和G18手枪等高射速枪械。他具有高机动性和狠辣的近战攻击手段，通常在科研基地活动主题，使得近距离对抗变得异常困难，一个需要谨慎应对的敌人。